從其成分上可分為：

單純生物肥，它本身基本不含營養元素，而是以微生物生命活動的產物改善作物的營養條件，活化土壤潛在肥力，刺激作物生長發育，抵抗作物病蟲危害，從而提高作物產量和質量。

因而單純生物肥不能單施，要與有機肥、化肥配合施用才能充分發揮它的效能。如：大豆根瘤菌、磷素活化劑、生物鉀肥等。

有機-無機-生物復合肥，它是有機肥、無機肥、生物菌劑三結合的肥料制品，既含有作物所需的營養元素，又含有微生物，它可以代替化肥供農作物生長發育。

如目前市場銷售的生物有機復合肥、綠色食品專用肥、生物有機復合肥等。都是在制造過程中，添加生物菌劑，縮短有機肥的生產周期、增加其速效成分。

生物有機肥與傳統有機肥的區別在于是工廠化、專業化生產，有人也將這類肥料稱之為精制商品有機肥。